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神奇寶貝動畫目前為止已經播放了4個主要系列，分別對應了主系列游戲的內容，按先后的播出順序分為第一部的關都地區石英聯盟篇、橘子群島橘子聯盟篇（動畫原創）、城都地區城都聯盟篇、第二部的豐緣地區豐緣聯盟篇、關都地區對戰開拓區篇、第三部的神奧地區神奧聯盟篇和第四部的合眾地區合眾聯盟篇。第四部的超級愿望為該系列的最后一部，也就是說超級愿望出完以后神奇寶貝動畫系列不會再出TV版本的新內容。 　　不同于游戲，動畫中，神奇寶貝具有了更多類似人類的特質，有個別神奇寶貝甚至可以講人話，例如火箭隊的喵喵。 　　動畫中揭示了更多人類與神奇寶貝相處的歷史，比如寶貝球是在近代才出現的物品，而大木博士在少年時所使用的寶貝球也與當代的樣子不同。在寶貝球的發明和大規模生產之前，城都地方的人們還會使用圓柑果實來捕捉神奇寶貝。而在遠古時期，神奇寶貝被稱為魔獸，人類使用魔獸裝具來控制這種生物。