故事從《最終幻想VII》結局兩年之后開始,當人們以為世界已經和平之時,一種被稱為“星痕癥候群”的病卻開始蔓延,世界再度陷入危機。曾經為拯救世界而戰的英雄克勞德卻與世隔絕孤獨的生活著…… 劇情敘述主角們打倒賽菲羅斯(Sephiroth),拯救星球免于巨大隕石的侵襲后兩年,神秘的怪病「星痕癥候群」在各地陸續傳出病例。